Orbetello ne diventa la capitale.

Lo Stato dei Presidi durò fino al 1801 con quattro periodi storici nettamente distinti:

1557-1707      periodo dei viceré spagnoli

1707-1737  periodo della dominazione austriaca

1737-1800      periodo dei re borbonici

1800-1801   periodo della dominazione francese

E' nel periodo dei viceré che su tutto il territorio vengono erette quelle fortificazioni che ancor oggi sono visibili, dalla Rocca di P. Ercole, a Forte Filippo, a Forte Stella, alla Rocca di P .S. Stefano, alle numerose torri dislocate sul M. Argentario e nelle zone limitrofe, alla ristrutturazione della cinta muraria di Talamone.

Per quanto riguarda Orbetello le fortificazioni hanno interessato il lato verso la terraferma essendo gli altri lati già difesi dalle preesistenti mura etrusche.

Le fortificazioni comprendono quattro bastioni, d'Arcos, della Rocca, di Santa Maria, di Guzman, un largo fossato detto fosso Regio, una porta, Porta Terra,munita di ponte levatoio, e in seguito  un'altra porta, più arretrata, detta Porta Nova.

All'interno di dette fortificazioni sono degni di nota il Palazzo del Governatore e la Polveriera Guzman.

Lo Stato dei Presidi fu scenario di varie battaglie di cui la più importante è quella di Orbetello con  un assedio, da parte dei francesi, che durò dal 9 maggio al 15 luglio 1646 e che si concluse con la vittoria spagnola.

Negli altri periodi Orbetello subì ulteriori occupazioni e battaglie passando dalla dominazione austriaca a quella dei borboni, fino a quella dei francesi, per essere definitivamente abolito come stato il 22 novembre del 1801 con l'assegnazione dei suoi territori al Regno d'Etruria.